1. «Алтайский государственный природный биосферный заповедник» создан постановлением Совета Министров Российской Советской Федеративной Социалистической Республики от 7 октября 1967 года № 764. Расположен в пределах трех физико-географических провинций: в юго-восточной части Северо-Восточного Алтая, в восточной части Восточного Алтая и в северо-восточной части Юго-Восточного Алтая. Территория заповедника 871206,7 га , занимает земли Турочакского и Улаганского административных районов, вдоль восточных границ Республики Алтай с Республиками Хакасия и Тыва.

2. «Катунский государственный природный биосферный заповедник» создан постановлением Совета Министров Российской Советской Федеративной Социалистической Республики от 25 июня 1991 года № 409, находится на территории Усть-Коксинского административного района Республики Алтай, площадь заповедника 151664 га . В пределы заповедника входят: северные макросклоны хребта Листвяга, все высокогорье западной части Катунского хребта, включая озера Верхнее Мультинское и Поперечное, истоки Нижнего Курагана (реки Осиновка и Иолдо), почти вся верхняя часть бассейна Катуни на территории Республики Алтай до водораздела между правыми притоками Катуни - Зайчихой и Озерной. Далее граница заповедника, пересекая Катунь, упирается в государственную границу между Российской Федерацией и Казахстаном, затем по ней идет до восточных пределов заповедника, определяя его южные рубежи.

Площадь территории заповедника составляет 151664 га.

3. «Национальный парк «Сайлюгемский» создан распоряжением Правительства Российской Федерации от 27 декабря 2012 года № 2545-р. Территория национального парка утверждена в 2010 году на территории муниципального района «Кош-Агачский район» распоряжением Правительства Российской Федерации от 27 февраля 2010 года № 241-р. Площадь территории национального парка составляет 118537,24 га.

4. Алтайский филиал Центрального Сибирского ботанического сада Сибирского отделения Российской академии наук «Горно-Алтайский ботанический сад».Создан 4 марта 1994 года № 22/64 «О развитии Алтайского филиала Центрального Сибирского ботанического сада Сибирского отделения Российской академии наук» совместным постановлением Правительства Республики Алтай и Президиума Сибирского отделения Российской академии наук. Горно-Алтайский ботанический сад расположен на территории памятника природы республиканского значения «Шишкулар-Катаил-Чистый луг» и занимает площадь 60 га.

Общая площадь особо охраняемых природных территорий федерального значения 1141467,94 га – 12,32% от территории Республики Алтай.