1. Государственный природный биологический заказник регионального значения «Сумультинский» создан постановлением Правительства Республики Алтай от 22 августа 2002 года № 242 «О создании государственных природных биологических заказников регионального значения «Сумультинский» и «Шавлинский», площадь 255352 га . Заказник находится в центре Республики Алтай, занимая северо-восточную часть Онгудайского административного района. Граница заказника на юге проходит по р. Кадрин, начиная от устья до истоков этой реки, включая озера Ситен-Кель и Ак-кель. Далее она поворачивает на север и совпадает с границей между Онгудайским и Улаганским административными районами, доходит до стыка с границей Чойского района, поворачивает на запад и по границе между Онгудайским и Чойским районами доходит до водораздельного хребта между рр. Малая и Большая Сумульта, по нему идет на юго-запад до слияния этих рек, дальше вниз по р. Большая Сумульта до р. Катунь, вверх по которой доходит до устья р. Кадрин. В пределах заказника находится все правобережье р. Кадрин и большая часть бассейна р. Большая Сумульта, за исключением правобережья последней ниже впадения в нее р. Малая Сумульта.

2. Государственный природный биологический заказник регионального значения «Шавлинский» создан постановлением Правительства Республики Алтай от 22 августа 2002 года № 242 «О создании государственных природных биологических заказников регионального значения «Сумультинский» и «Шавлинский», площадь 246601 га . Заказник находится на территории трех административных районов - Кош-Агачского, Онгудайского, Улаганского. Он расположен в центре наиболее высокогорной части республики. На севере границей заказника является р. Чуя на всем протяжении, начиная от с. Чибит вниз по течению до ее впадения в р. Катунь, которая вверх по течению до устья р. Аргут образует его западную границу. Далее граница идет вверх по течению р. Аргут до водораздела между ее левыми притоками р. Ело и р. Каир. Отсюда граница поворачивает на запад и идет до истоков р. Каир, оставляя весь бассейн этой реки и бассейн р. Иедыгем в пределах заказника. От истоков р. Иедыгем граница поворачивает на северо-восток и идет по водоразделу между рр. Иедыгем и Кулагаш до русла р. Аргут. Далее вверх по р. Аргут граница доходит до устья р. Карагем, минуя его, и по водоразделу между рр. Карагемом и Карасу идет почти строго на восток Южно-Чуйским хребтом до отметки высоты 3402 м . Затем граница поворачивает строго на север и идет, пересекая р. Карагем в районе устья его левого притока Караайры, по прямой на с. Чибит.

Общая площадь заказников = 501953 га

3. «Природный парк «Белуха» создан постановлением Правительства Республики Алтай от 10 июня 1997 года № 198 «О создании природного парка «Белуха». Площадь природного парка составляет 131270 га. Расположен в физико-географической провинции Центральный Алтай в Усть-Коксинском административном районе.

4.«Каракольский природный парк «Уч-Энмек» создан постановлением Правительства Республики Алтай от 23 апреля 2001 года № 109 «О создании в Онгудайском районе Каракольского природного парка «Уч Энмек».Площадь природного парка составляет 81123 га.Расположен в физико-географической провинции Центральный Алтай в Онгудайском административном районе в бассейне р. Каракол.

5.«Природный парк «Зона покоя Укок» создан постановлением Правительства Республики Алтай от 23 мая 2005 года № 77 «О природном парке «Зона покоя Укок». Площадь природного парка составляет 254204 га.Расположен в южной части Кош-Агачского административного района. Границы: от высоты 2972 м на государственной границе с Монгольской Народной Республикой на северо-запад до р. Усай, включая озеро Чанбак-Кель, затем на северо-запад до высоты 3143 м , далее на запад, включая источник "Жумалинские ключи", до горы Вершина Садакпая ( 3298 м ). Далее на запад до истока р. Аккол, до слияния с р. Ак-Алаха, далее вниз по течению р. Ак-Алаха до слияния с р. Кара-алаха. Затем по левому берегу вверх по течению р. Кара-алаха до ее истоков на северо-запад через высоту с отметкой 2796 м по водораздельному хребту на государственной границе с Казахстаном. Далее по государственной границе с Казахстаном, Китаем и Монголией на восток до высоты 2972 м.

6. «Природный парк «Ак Чолушпа» создан постановлением Правительства Республики Алтай от 20 октября 2011 года № 306 «О создании природного парка «Ак Чолушпа» на территории муниципального образования «Улаганский район». Природный парк состоит из трех кластеров: «Чулышман», «Калбакая» и «Пазырык» площадью 110212 га, 78947 га и 24 га соответственно. Площадь парка составляет 189183 га.

Общая площадь природных парков = 655780 га

7. На территории Республики Алтай существуют 43 памятника природы республиканского значения, утвержденные постановлением Правительства Республики Алтай от 16 февраля 1996 года № 38 «Об утверждении памятников природы республиканского значения».

Общая площадь памятников природы республиканского значения составляет 40160 га из них 27743 га находится на территории других категорий ООПТ. (площадь памятников природы вне других ООПТ – 12417 га).

8. Лечебно-оздоровительная местность регионального значения на территории Шебалинского района. Создана постановлением Правительства Республики Алтай 5 мая 2008 года № 94 «О признании территории в Шебалинском районе Республики Алтай лечебно-оздоровительной местностью регионального значения», в соответствии с которым, территория в пределах земельного участка, расположенного на левом берегу реки Катунь в приустьевой части реки Сема Шебалинского района Республики Алтай с кадастровым номером 04:04:100401:0001 общей площадью 104900 кв. м, признана лечебно-оздоровительной местностью регионального значения.

Общая площадь региональных ООПТ – 1170160 га, 12,63% от территории Республики Алтай.

Общая площадь особо охраняемых природных территорий федерального значения и особо охраняемых природных территорий регионального значения – 2311627,94 га

Упраздненные особо охраняемые природные территории. 1. Природно-хозяйственный парк «Чуй-Оозы». Создан постановлением Правительства РА от 26 июля 2002 года № 195 «О создании ПХП «Чуй-Оозы» на территории площадью 810 га. Постановлением Правительства Республики Алтай от 20 ноября 2009 года № 260 «О создании автономного учреждения РА «Чуй-Оозы» путем изменения типа существующего госучреждения. (из ГУ в АУ). Ликвидирован Постановлением Правительства Республики Алтай от 15 февраля 2011 года № 15 «О ликвидации ПХП «Чуй-Оозы» и признании утратившими силу некоторых постановлений ПРА. 2. ПХП «Аргут». Создан постановлением Правительства Республики Алтай от 18 декабря 2002 года № 366 «О создании ПХП «Аргут» на территории площадью 20572 га. Постановлением от 20 ноября 2009 года № 259 «О создании автономного учреждения Республики Алтай "Природно-хозяйственный парк "Аргут" путем изменения типа существующего государственного учреждения" из Государственного Учреждения в Автономное Учреждение. Реорганизован постановлением Правительства Республики Алтай от 13 сентября 2011 года № 246 в форме присоединения к автономному учреждению Республики Алтай "Каракольский природный парк «Уч-Энмек».